Registreeritud maksukohustuslane on kohustatud esitama kvartaliaruande teise liikmesriiki müüdud kaupade kohta. Kvartaliaruandes deklareeritakse üksnes kauba müük isikute lõikes, kauba soetamist ja osutatud ega saadud teenuseid ei deklareerita. Deklareerimiseks on vaja teada ostja käibemaksukohustuslasena registreerimise numbrit, mida saab kontrollida Maksuametist VIES-süsteemi vahendusel.
Teenuste maksustamise põhimõtted EL-ga liitumisel ei muutu. Endiselt maksustatakse välisriigis, sealhulgas teises liikmesriigis, tekkiv teenuste käive nullmääraga ja Eestis tekkiv, ehk siis Eesti isiku poolt mitteresidendilt saadud teenuste käive maksustatakse teenuse impordina.
Alates muudatuste jõustumisest on 18% käibemaksuga maksustatav uute ehitiste ja ehitiste aluse maa esmamüük ja hoonestamata kruntide müük. Krundi mõiste on defineeritud Planeerimisseaduses, mille kohaselt on krunt ehitamiseks kavandatud maaüksus detailplaneeringu koostamise kohustusega alal.
Muude kinnisasjade käive, samuti kinnisasjade üürile, rendile või kasutusvaldusse andmine on üldjuhul maksuvaba.
Eelnõus kavandatud muudatuste kohaselt kaob sõiduautode soetamisel sisendkäibemaksu mahaarvamise piirang 2/3. Seega peale muudatuste jõustumist sõiduauto soetamisel, sealhulgas kapitalirendi tingimustel soetamisel saab tasutud käibemaksu täies ulatuses maha arvata.
Ametiauto osaliselt isiklikuks otstarbeks kasutamisel tuleb igas kuus tasuda käibemaks omatarbelt. Raamatupidamise ja maksukohustuse arvestamise lihtsustamiseks on ametiauto omatarbe maksustamine ühtlustatud tulumaksuseaduse erisoodustuse arvestusega. Seega võrdub omatarbe maksustatav väärtus tulumaksuseaduses reguleeritud ametiautode erisoodustuse hinnaga. Järelikult, kui auto kasutamise kohta ei peeta sõidupäevikut, tuleb igakuiselt maksta 18% käibemaksu 2000 kroonilt, ehk siis 360 krooni auto kohta. Vastav muudatus põhineb IFA Eesti esindajatelt tulnud ettepanekul.
Kõige olulisem muudatus antud valdkonnas on rahvusvahelisi reise teostava laeva ja lennuki pardal kaasamüüdava kauba maksustamine 18% käibemaksuga ehk tax-free kaubanduse kaotamine. Kuna Eestile ei antud tax-free osas taotletud üleminekuperioodi, on pardal kauba kaasamüük maksustatav alates EL-ga liitumisest.
Maksuvabastus ehk nullmäär jääb kehtima nii personali kui reisijate poolt pardal tarbitava kauba osas. Samuti on endiselt nullmääraga maksustatav rahvusvaheline reisijate transport, laevad ja õhusõidukid ning nende varuosad. Erandiks on teatud uute laevade ja õhusõidukite müük, mis maksustatakse uue transpordivahendi müügi sätete alusel.