Naissaar sobib nii pikemaks suvitamiseks kui ka ühepäevaseks piknikureisiks. Idülliliste loodusvaadete kõrval pakuvad hüljatud militaarobjektid võimalust ?okiturismiks.
Ligi pooletunnise kaatrisõidu järel kivi ja liiva segusele rannale astudes leiate Naissaarelt eest Aegviidu kandile sarnaneva metsaaluse, mida risustavatest militaarse rämpsu hunnikutest pärineb osa veel tsaari ajast.
Ekskursioonijuhi Petka jutud katakombidest, hiiglaslike merekahurite alustest ning Vene revolutsiooni aegsest Naissaare Vabariigist panevad Vana-Kreeka müüdid kahvatuma. Austria päritolu sõjaväe-veoauto loksutab turisti mööda tolmuseid metsateid, mis aeg-ajalt ristuvad sõjamoona vedamiseks ehitatud kitsarööpmelise raudteega. Virbi majakast paistab ühelt poolt Tallinna kilukarbisiluett, teiselt poolt aga Porkkala rannik, kust neljapäeviti kostavad Soome meresuurtükkide õppekõmakad.
Saarel leidub kaks ligi kümne kilomeetri pikkust matkarada, mille läbimiseks saab kohapealt laenutada jalgrattaid.
Naissaare külastamine on kallis lõbu. Üksnes edasi-tagasi sõit kaatriga maksab 3000 krooni, kahe ja poole tunni pikkuse veoautoekskursiooni eest saarel tuleb välja käia 1000 krooni, mistõttu tasub reis ette võtta suurema seltskonnaga.
Saare südamena toimib keskkonnaministeeriumile kuuluv looduspargi keskus, mille ruumides tegutseb kõrts. Naissaarel müüdava õlle hind sarnaneb mandril kehtivale, kuid suurel maal saab prae poole odavamalt. Näiteks ülimaitsvalt valmistatud lõhefilee maksab Naissaarel 150 krooni, mis on tunduvalt kallim mandril sama tasemega söögikohas kehtivast hinnast.
Lõunastada tasub pärast ekskursiooni, mille positiivsed elamused sunnivad prae soolast hinda unustama. Naissaare teenindajate lihtne sõbralikkus laeb aga hoobilt maha pealinna melust kaasa toodud pinged.
Kõrge hinnataseme põhjustab saare turismiäri hooajalisus, konkurentide puudumine ja infrastruktuuri algelisus. Näiteks trotsib Naissaar Eesti Energia hinnatõusu, kelle monopoliõigused kaugele mere taha lihtsalt ei ulatu. Nii majakad kui ka õlut jahutavad külmutuskapid töötavad diiselgeneraatorite jõul.
Keskkonnaministeeriumile kuuluv looduspargi keskus hoiab Naissaare turismi oma valvsa pilgu all, sest võimsate legendide kõrval varitsevad saarel liikujat ka pärisohud. Näiteks tohib lõket teha vaid selleks ette nähtud kohas, sest saare pind varjab seni leidmata mürske, mis juhuslikult lõkke alla sattudes võivad lõhkeda. Rändajat aga lõhkekehad ei ohusta, sest elavjõu ja sõidukite hävitamiseks valmistatud miine pole saarele kunagi toodud.
Mandrist 8,5 kilomeetri kaugusel asuv Naissaar oli nõukogude ajal erinevalt naabruses asuvast Aegnast tavainimestele militaarkasutuse tõttu suletud, mistõttu pakub esmajoones huvi seni avastamata kodumaa killuna. Kümmekond aastat tagasi unistati Naissaarele pilvelõhkujatega maksu- ja mänguparadiisi rajamisest, kuid 1995. aastast tegutseb seal looduspark.