Siirdehindadega manipuleerimise takistamiseks lisatakse rahvusvahelises praktikas maksuseadustesse sätteid, mille alusel võib maksuhaldur seotud isikute vahel tehtud tehingute hindu korrigeerida. Samasugust põhimõtet sisaldab ka Eesti tulumaksuseaduse § 50 lg 4. Kui seotud isikute vahel tehtud tehingute hind erineb sõltumatute isikute vahel samasugustel tingimustel tehtud tehingu hinnast, võib maksuamet äriühingu tulu ning maksukohustuse ümber arvutada.
Olgugi, et käesoleva loo autoril puuduvad andmed, et maksuamet oleks TMSi § 50 lg 4 alusel siirdehindu korrigeerinud, on tõenäoline, et lähitulevikus teeb maksuamet edusamme ka selles valdkonnas. Osalt toetab maksuameti arengut vajadus mitte kaotada alusetult Eesti maksutulusid välisriikidele ning teisalt ka teatud rahvusvaheline surve, sest nii OECDs kui ka Euroopa Ühenduses peetakse siirdehindade korrigeerimise ebakorrapärast rakendamist taunitavaks. Peamisteks probleemideks TMSi § 50 lg 4 rakendamisel Eestis võib praegu pidada rahandusministeeriumi väljastatud siirdehindade määratlemise meetodeid puudutava määruse puudulikkust ja maksuametnike kogenematust nende meetodite rakendamisel. Tegemist on aga asjaoludega, mis võivad muutuda kiiresti.
Seetõttu ei tohiks ettevõtjad siirdehindade määratlemist alahinnata, vaid peaksid, nagu muudelgi puhkudel, maksuametist kaks-kolm sammu eespool käima. Kuna siirdehindade määratlemise puhul ei eeldata ettevõtjalt alati tahtlust siirdehindadega manipuleerimiseks, vaid piisab faktist, et siirdehinnad ei vasta reaalturuväärtuse printsiibile, nõuab see ettevõtjalt pidevalt piisavat dokumentatsiooni ja tõendusmaterjali, tõestamaks, et tema poolt seotud isikutega tehtavate tehingute hinnad on samaväärsed hindadega, mida mitteseotud isikud omavahelistes tehingutes oleks kasutanud.
Probleemil on olemas ka teine külg. Nii mõndagi rahvusvahelisel tasandil tegutsevat ettevõtjat võib tabada olukord, kus mõne teise riigi maksuamet tolles teises riigis ettevõtja siirdehindu korrigeerib. Tulenevalt Eesti sõlmitud maksulepingute artikli 9 lõikest 2 peaks sellisele tegevusele järgnema Eesti maksuameti poolne vastupidine korrigeerimine. Näiteks kui välisriigi maksuamet leiab, et sealne äriühing maksis Eestis asuvale seotud isikule kauba või teenuse eest reaalturuväärtuse printsiibile mittevastavat hinda ning selle tulemusena sealse äriühingu kasumit suurendatakse, peaks Eestis asuva seotud isiku kasumit vähendama. Maksuameti kogenematus siirdehindu korrigeerida võib saada takistuseks vastupidise korrigeerimise läbiviimisel.
Praktikas tähendab siirdehindade määratlemise rakendamine suuri ajalisi ja rahalisi ressursse nii maksumaksjalt kui ka maksuhaldurilt. Võrreldavate isikute, olukordade, kaupade, teenuste ja hindade otsimine ning selle kohta tõendusmaterjali kogumine võib kujuneda ületamatult raskeks, eriti kui tegemist juhtub olema näiteks ainulaadse immateriaalse varaga, millele vabal turul võrdväärset leida pole. Vältimaks asjatuid vaidlusi ning tagamaks kindlust maksumaksjale, on viimastel aastatel paljudes riikides juurutatud niinimetatud maksuameti eelotsuste menetlused, kus maksumaksjal on maksuametilt võimalik saada kinnitus, et tema rakendatavad tehinguväärtused on maksuametile vastuvõetavad ning nende rakendamise korral siirdehindade korrigeerimise menetlust mingil juhul ei algatata.
Siirdehindade määratlemise ümber toimuv on olnud üheks ajendiks, miks rahvusvahelised kontsernid on juba aastaid toetanud Euroopa Komisjoni selle püüdlustes harmoneerida äriühingute tulumaksusüsteemi Euroopa Ühenduses. Ühtse süsteemi väljatöötamine aitaks vältida olukordi, kus kontsern peab korraga tegutsema 15 erinevas maksusüsteemis, kemplema 15 erineva maksuhalduriga ning kus ühele probleemile võidakse anda 15 erinevat kohtulikku tõlgendust.
2001. aasta oktoobris Euroopa Komisjoni üllitatud aruandes pakuti välja neli erinevat võimalust äriühingute tulumaksusüsteemi ühtlustamiseks. Eespool välja toodud süsteemidest on kaks sellist, millega liikmesriigid tõenäoliselt võiksid nõustuda. Esimeseks süsteemiks oleks nn home state taxation, mille olemus seisneb selles, et äriühingu tulu arvestamisel võetaks aluseks äriühingu peakontori asukohariigi tulumaksusüsteem ning selle alusel arvutataks kontserni kogu maksukohustus. Kogutud tulumaks jaotataks seejärel kokkulepitud valemi alusel (näiteks proportsionaalselt käibemaksubaasile) nende liikmesriikide vahel, kus äriühingu üksused asuvad. Kontsern peaks rakendama vaid ühe riigi tulumaksusüsteemi, kusjuures talle jääks võimalus peakontori asukoha vahetamisega valida endale meeldivaima riigi maksusüsteem. Kogu siirdehindade probleem oleks ettevõtjate jaoks elimineeritud, sest kogu maksutulude jaotamise protsess jääks liikmesriikidevaheliseks probleemiks.
Teise süsteemina pakutakse välja nn common base taxation, mille kohaselt äriühinguid maksustataks Euroopa Ühenduses väljatöötatud ühtse maksubaasi alusel ning tulude jaotamine liikmesriikide vahel toimuks järjekordselt liikmesriikide omavahel kokkulepitud valemi alusel. Ka selle süsteemi puhul peaks kontsern kokku puutuma vaid ühe maksusüsteemiga ning siirdehindade probleem oleks vaid ajalugu. Siin ei saa märkimata jätta, et Euroopa Komisjoni ettepaneku kohaselt toimiks mõlemad süsteemid paralleelselt praegu kehtivate maksusüsteemidega, mis tähendab, et ettevõtjatele jäetaks võimalus valida, kas rakendada tavalist maksusüsteemi või Euroopa Ühenduse loodud ühtset süsteemi.