Tõendite kogumine maksumenetluses. Maksumenetluses on tõendiks kõik asjas kogutud andmed, s.h nii maksukohustuslaselt, kolmandalt isikult kui ka riigi-, valla- või linnaasutuselt saadud teave, dokumendid, asjad, vaatluse teel tuvastatud asjaolud ning eksperdiarvamus. Lähtudes talle seadusega pandud ülesannetest ning kaalutlusõigusest, otsustab maksuamet milliseid tõendeid ta peab vajalikuks konkreetses asjas koguda. MKS annab maksuametile õiguse kontrollida kõiki maksukohustuslase majandus- või kutsetegevusega ning maksude tasumisega seotud dokumente, samuti teha kaupade, materjalide ja muu vara ning tehtud tööde ja osutatud teenuste inventuure ja ülemõõtmisi. Kontroll jaguneb üksikjuhtumite kontrolliks ja üldkontrolliks ehk revisjoniks.
Teabe nõudmine maksukohustuslaselt. Maksumenetluses tähendust omavate asjaolude väljaselgitamiseks on maksuhalduril õigus saada maksukohustuslaselt või tema esindajalt suulist või kirjalikku teavet. Vajaduse korral võidakse kohustada maksukohustuslast või tema esindajat teabe andmiseks ilmuma maksuametisse. Isiku maksuametisse kutsumiseks annab maksuhaldur kirjaliku korralduse, kuhu on märgitud kohtumise aeg ja koht koos selgitusega, mis asjus isik välja kutsutakse. Vajaduse korral antakse kirjalik korraldus ka muudel teabe nõudmise juhtudel.
Maksukohustuslasel on õigus taotleda korralduses antud kohustuse täitmise tähtaja pikendamist. Suulised seletused protokollitakse ning protokollile võetakse seletuste andja allkiri. Kui maksukohustuslane keeldub protokollile allakirjutamisest, tehakse keeldumise kohta protokolli märge.
Teabe nõudmine kolmandatelt isikutelt. Maksuhalduril on õigus nõuda kolmandatelt isikutelt, sh pangalt teavet maksumenetluses tähendust omavate asjaolude kindlakstegemiseks. Eelnimetatud isikud on kohustatud andmeid esitama, v.a juhul, kui neil on seaduse alusel õigus tõendite ja andmete esitamisest keelduda.
Maksuametil on õigus kirjaliku korraldusega kohustada kolmandat isikut teabe andmiseks ilmuma maksuametisse. Enne kolmandalt isikult teabe nõudmist tuleb teabe saamiseks pöörduda esmalt maksukohustuslase poole. Erandiks on juhtum, kui maksuhalduril puudub info maksukohustuslase elu- või asukoha kohta, maksukohustuslane ei ole maksuhaldurile kättesaadav või takistab maksumenetluses tähendust omavate asjaolude väljaselgitamist.
Teabe nõudmine riigi-, valla- ja linnaasutustelt. Maksuametil on õigus nõuda maksumenetluses tähendust omavat teavet, sh dokumentide esitamist ning asjade ettenäitamist ka riigi-, valla- või linnaasutuselt. Eelnimetatud asutused võivad jätta maksuhalduri taotluse täitmata ainult juhul, kui neil on selleks õigus seaduse alusel. Asutused on kohustatud maksuhaldurile teatama asjaoludest, mis teevad teabe, asjade või dokumentide esitamise nõude täitmise võimatuks või mille tõttu on vaja taotluse täitmise tähtaega pikendada.
MKS alusel on riigi-, valla- või linnaasutus kohustatud infotehnoloogiliste võimaluste olemasolu korral esitama deklaratsioonid jm dokumendid maksuametile elektrooniliselt.