Riigikohus ei rahuldanud ühtegi valimiskaebust või jättis need läbi vaatamata, kuna kaebuste esitamise tähtaeg oli möödas või adressaat ebaõige.
Kaebustes Riigikohtule sooviti 14. septembri rahvahääletuse tulemuste tühistamist kas osaliselt või täielikult. Riigikohtule esitati 9 valimiskaebust. Neist 4 jäeti läbi vaatamata ning 5 rahuldamata.
Järgnevalt on toodud ära kaebuste levinuimad põhjendused ning Riigikohtu argumendid.
1) Kaebajad leidsid, et Riigikogu otsus 'Rahvahääletuse korraldamine Euroopa Liiduga ühinemise ja Eesti Vabariigi põhiseaduse täiendamise küsimuses' ning Euroopa Liiduga ühinemise leping olid põhiseadusevastased. Ka oli rahvahääletusele pandud küsimus ebaselge, mõjus agitatsioonina ning oli vastuolus Rahvahääletuse seadusega. Kaebajad leidsid, et Euroopa Liitu astumist ehk küsimust välislepingu suhtes ei saa rahvahääletuse seaduse kohaselt rahvahääletusele panna.
Artikkel jätkub pärast reklaami
Riigikohus viitas, et rahvahääletusele pandud ja hääletamissedelile kantud seaduseelnõu ning küsimuse sõnastust ei otsustanud Vabariigi Valimiskomisjon, vaid Riigikogu 18. detsembril 2002. Riigikogu otsust sai Riigikohtus vaidlustada 10 päeva jooksul otsuse jõustumisest arvates. Seega oli kaebuste esitamise tähtaeg möödunud enam kui kaheksa kuu eest. Riigikohus jättis kaebused selles osas läbi vaatamata. Euroopa Liiduga ühinemise lepingu põhiseaduslikkuse kontrolli saavad aga põhiseaduslikkuse järelevalve kohtumenetluse seaduse kohaselt Riigikohtus taotleda vaid õiguskantsler ning kohtud, kuid mitte üksikisikud.
2) Valimispäeval tehti meedias aktiivset agitatsiooni. Riigikohus märkis, et aktiivne agitatsioon meedias rahvahääletuse päeval on väärtegu, mida arutatakse Väärteomenetluse seadustikus sätestatud korras, mitte aga põhiseaduslikkuse järelevalve menetluses. Seadustiku järgi saab kaebaja võimalikust õiguserikkumisest teavitada politseiprefektuuri.
3) Euroopa Liiduga ühinemise leping ning põhiseadusliku leppe projekt ei olnud üldsusele kättesaadav, samuti ei saanud hääletamisruumis nende dokumentidega tutvuda. Riigikohus leidis, et kaebajate väited agitatsiooni ühekülgsuse ning Euroopa Liiduga ühinemise lepingu ning põhiseadusliku leppe projekti vähese
kättesaadavuse kohta pole lahendatavad põhiseaduslikkuse järelevalve kohtumenetluses. Rahvahääletuse seaduse kohaselt peab olema hääletamisruumis kättesaadav rahvahääletusele pandud seaduseelnõu tekst, seadus ei nõua muude dokumentide väljapanemist.