Enamiku 6. direktiivist peab ELi liikmesriik kohaldama üks-ühele. Mõnes küsimuses võib liikmesriik teha erandeid ja kehtestada ise rakenduskorra. Erandeist räägib ligi pool direktiivi. Uute võimaluste ärakasutamiseks tuleb neid võimalusi täpselt teada. Üks oluline võit tekib ettevõtetel sellega, et sisendkäibemaksu saab edaspidi maha arvata tunduvalt varem kui seni. 6. direktiivi kohaselt peab sisendkäibemaksu mahaarvamise õigus tekkima samal ajal kui müüjal käibemaks käibelt ehk käibemaks peab kokku olema neutraalne ka arvestuse korral. Euroopa kohus on teinud just nüüd lahendi, mille kohaselt isegi siis, kui sa pole veel arvet saanud, tekib käibemaksu mahalahutamise õigus.
Eestis vabaneb selle tulemusena riigi "hoiult" sadu miljoneid kroone. Tolli puhul on vabanev summa võimalik täpselt välja arvutada, sest ligi 90 tollile laekuvast rahast makstakse ettevõtetele tagasi. Kuna edaspidi liikmesriikide vahel kauba soetusel enam käibemaksu tollile tasumist ei toimu, on ettevõtete rahavoogudes oluline võit. Ja summa on suur ning võit märkimisväärne.
Edaspidi kaob ära ELi-siseses käibes ka tollideklaratsioon, mistõttu ettevõtja peab hakkama rohkem mõtlema sellele, kuidas tõestada, et ta viis kauba teise riiki - et vältida käibemaksu akumuleerimist ja topeltmaksustamist.
Teine peavalu on, kuidas saada piisavalt infot teiste liikmesriikide seaduste kohta, kuna tihti tuleb hakata maksma käibemaksu teiste riikide käibemaksu seaduste järgi. Kui toimub nt postimüük (Otto, Anttila jt), tekib ettevõtjal mõnel juhul kohustus end teises riigis käibemaksukohuslaseks registreerida.
ELi liikmesriikide vahel kaob mõiste import, selle asemele tuleb ühendusesisene kaubasoetamine. Samas ei ole iga kauba ühendusesisene liikumine kaubasoetamine. On väga palju erandeid. Siiani me ei vaevanud pead sellega, kus on käibe tekkimise koht, nüüd on see muutunud teadusharuks - kus tekib käive, millises riigis?
Äri saab edaspidi rohkem teha, aga meie ettevõtetel tekib palju maksukohustusi ja probleeme, mille osas ei saa loota partnerite informeeritusele. Lääne-Euroopas teatakse kehtivaid seadusi halvasti.
EL on teinud lihtsustamisreegleid, kuid paljudel käibemaksuga tegelevatel inimestel on tekkinud tunne, et lihtsustamine on muutnud süsteemi veelgi komplitseeritumaks.
Suhted liikmesriikide vahel on keerulised, kui sisse tuleb veel kolmas osapool ehk mitteliikmesriik, nt Venemaa, on asi juba väga keeruline. Eestis on aga selliseid tehinguid palju, kus tehingu pooled on nt Eesti, Venemaa ja Saksamaa ettevõtted. Neile ei anna aga direktiiv alati häid vastuseid. Liikmesriikidel on kohustus, et käibemaks ei tohi akumuleerida, käibemaksu koormuse kannab ainult lõpptarbija. Venemaa aga vastastikuse pariteetsuse printsiibi alusel Eestile käibemaksu tagasi ei maksa ja seega ka Eesti ei tagasta Eesti käibemaksu Venemaa firmale. Seega, kui äri teha Venemaa firmaga ja seadusest tulenevalt tuleb maksta 0 asemel 18 käibemaksu, muutub äri sageli konkurentsivõimetuks. Seepärast peab ettevõtja väga täpselt mõtlema, milline on tema äriskeem.