Seaduseelnõu eesmärk on kehtestada mahepõllumajanduse valdkonnas tegutsemise nõuded osas, mis ei ole kehtestatud Euroopa Liidu määrustega.
Samuti sätestatakse mahepõllumajanduse valdkonnas tegutseva isiku üle järelevalve teostamise alused ja ulatus ning vastutus nimetatud õigusaktidega kehtestatud nõuete rikkumise eest.
Kehtiv mahepõllumajanduse seadus võeti vastu enne Eesti liitumist Euroopa Liiduga ning see kordab paljuski otsekohalduva nõukogu määruse (EMÜ) nr 2092/91 nõudeid.
Eelnõu peamiseks eesmärgiks on kõrvaldada nimetatud dubleerimine, sest Euroopa Liidu otsekohalduva määruse rakendamine ei eelda määruse sätete ümberkirjutamist siseriiklikus õiguses. Samas võib seaduse rakendamisel aga kerkida mitmeid küsimusi, kui sama reguleerimiseseme suhtes on kehtestatud vastuolulised nõuded.
Seaduse jõustumisel tõhustub riiklik järelevalve mahepõllumajanduse valdkonnas tegutsevate isikute üle, see tõstab usaldusväärsust märgistatud saaduste ja toodete suhtes tarbijate seas ning nõudlust nende järele.
Huvi ja nõudluse kasvuga kaasneb mahepõllumajanduse populaarsuse tõus maapiirkondades, see annab maal elavatele inimestele võimaluse tegutseda mahepõllumajandussaaduste tootmisel.
Kuna mahepõllumajanduslik tootmine on keskkonnasõbralik tootmine, kus ei kasutata mineraalväetisi ega taimekaitsevahendeid, paraneb ka keskkonna üldine seisund, kui mahepõllumajanduslikult majandatava maa osatähtsus suureneb.
Seaduse rakendamisega kaasnevad otsesed lisakulutused riigieelarve vahenditest kokku summas 1 812 000 krooni, mis on vajalikud infotehnoloogiliste lahenduste väljatöötamiseks ja haldamiseks, uute ametikohtade loomiseks ning inventari uuendamiseks.
Täiendavate kulutuste katmiseks taotleb Põllumajandusministeerium riigieelarvest raha eraldamist 2007. aastaks.
Eelnõu kohaselt 1. septembril jõustuva seaduse rakendamisel laekub riigieelarvesse riigilõivuna 2005. aasta 490 000 krooni asemel eeldatavalt 840 000 krooni.