Seda juba seepärast, et ELi määrused on otse kohalduvad, s.o alates 1. maist muutuvad need samaväärseks käitumisjuhiseks nagu Riigi Teatajas avaldatud seadused, kuid Eesti seaduste suhtes on need ülimuslikud. Ka direktiivid võivad teatud juhtudel anda käitumisjuhiseid ettevõtjale, nagu ka ELi haldus- ja kohtupraktika ja aruteludokumendid. Liitumiseelse harmoniseerimise käigus on kindlasti püütud kõrvaldada olulised vastuolud Eesti õigusest, kuid täieliku harmoniseerimisega ei ole hakkama saanud isegi n-ö vanad liikmesriigid. Läbi aegade on Euroopa Komisjon andnud liikmesriike Euroopa Kohtusse seoses ELi õiguse kohaldamata jätmisega. Vanad erinevad Eestist ehk ainult selle poolest, et nende rikkumine on mõnikord ette kavatsetud, et ajada teatud poliitikat. Eesti puhul on paratamatult oluline osa juhusel ja teadmatusel. Võime võtta näite ka ajakirjandusest: värske uudispealkirja järgi saame teada, et ?Euroliit? tahab keelata ?Made in Estonia? tähistuse. Õiguslikult on oluline eristada, kes on see ?Euroliit? ning milline on tema pädevus ? nii võib ka selguda, et keelata ei saaks see ?Euroliit? (Komisjon) ka vastava tahtmise korral.
Seetõttu on olukorrad, kus Eesti õigussüsteem toodab tulemuse vastuolus ELi õigusega vältimatud, hoolimata ametnike kinnitustest, et ?seadus vastab täielikult ELi normidele.? Võtame näite notariaalsest tõestamisest, mille puhul Eesti registrid on mõnikord asunud seisukohale, et ?notariaalset tõestamist? Tõestamisseaduse mõttes saavad teha ainult Eesti notarid, isegi kui ELi liikmesriigi notari tõestatud dokument on kinnitatud apostilliga ning notar on kinnitanud peale poolte allkirja ja isikusamasuse ka nende tahet tehing teha. Seega teatud ühisturu kaupu (näiteks Eesti osaühingu osa või Eestis registreeritud laeva) saaks müüa ainult Eesti notari juures ? Eesti oma õigussüsteem on tootnud tulemuse, mis ei ole ELi õiguse raamides jätkusuutlik.
Alles teises järjekorras, pärast enda õiguste tundmaõppimist, võiks kaaluda uusi õiguskaitsevahendeid.
Juhul kui Eesti (või muu liikmesriigi) kohtus tekib vaidlus ELi õiguse kohaldamise üle, on kohtutel õigus ja teatud juhtudel kohustus pöörduda Euroopa Kohtu poole eelotsustuse saamiseks küsimuses, kuidas ELi õiguse sätet tõlgendada ja kohaldada. Eelotsustusmenetluse ajaks (ca 1?3 aastat) menetlus siseriiklikus kohtus peatatakse. Eelotsustusmenetluse käigus ei lahenda EK siseriiklikus kohtus algatatud kohtuasja sisuliselt, vaid annab kohtule juhiseid ühenduse õiguse tõlgendamise kohta. Ettevõtja otsustada on seejuures ainult, kas taotleda nn oma kohtult küsimuse esitamist EK-le või mitte taotleda. Ka eelotsustusmenetlus tasub end ära, kui ettevõtja huvi on oluline või pikaajaline ? reeglina siiski öeldakse, et õigusega viivitamine on sama, mis õiguse eitamine.
Vahest huvipakkuvamaks võimaluseks ettevõtjate jaoks on võimalus esitada kahju hüvitamise hagi liikmesriigi vastu. Liikmesriigi vastutuse eelduseks on isikule kahju tekkimine; liikmesriigipoolne ELi õiguse rikkumine; rikutud säte tekitab õigusi ja kohustusi vahetult isikule, mitte üksnes liikmesriigile; põhjuslik seos ELi õiguse rikkumise ja tekkinud kahju vahel.
Kõiges, mis eespool öeldud, on võimalik leida ka erandeid.