Leping on ülimuslik mitte ainult praegu kehtivate, vaid ka uute seadusaktide suhtes neis 68 poliitikavaldkonnas, millele ELi pädevusi lepinguga laiendatakse.
Neist 49 on uued (energeetika, migratsioon, võitlus kliimamuutustega, politseikoostöö, kriminaalasjad, kodanike põhiõigused, isikuandmete kaitse jt), 19s hakatakse kasutama kvalifitseeritud enamusega hääletamist. Seega väheneb oluliselt liikmete vetoõigus valdkonnis, kus rahvusriigid said seda kasutada oma iseseisva poliitika kaitsmiseks ja elluviimiseks.
Lissaboni leping muudab ELi majanduspoliitika senisest tsentralistlikumaks ja bürokraatlikumaks. Veel enam, Prantsusmaa presidendi Nicolas Sarkozy survel võeti ELi Ülemkogul juunis 2007 lepingu projektist välja fraas, mis kehtestanuks ELi siseturul vaba ja moonutusteta konkurentsi. Seega saavad Lääne-Euroopa liikmesriigid vajadusel jätkuvalt piirata Ida-Euroopa riikide teenuste, tööjõu ja kaupade vaba liikumist ELi siseturul.
Leping muutub pärast jõustamist ülimuslikuks ka Eesti liitumislepingu suhtes, millega saime lisaaega ja erandeid oma avatud ja liberaalse majanduspoliitika kaitseks, sh maksupoliitikas.
Tõsi, rahvusriikide peamisteks riigile omasteks volitusteks jäävad riigieelarve koostamine ja maksude kehtestamine. Kuid Euroopa föderaalriigi ülesehitajad võivad sobival ajal rahvusriikidelt taotleda ka nende õiguste piiramist või ära võtmist. Leping avab selleks õigusliku tee nii Euroopa Kohtu õiguste laiendamise kui ka rahvusriigiüleste institutsioonide loomise kaudu - ELi Ülemkogule alalise staatuse andmine koos 2,5 aastaks valitava eesistuja (presidendi) ning õigusaktide vastuvõtmise (piiratud) õigusega. Tööle rakendatakse ka ELi välis- ja julgeolekupoliitika kõrge esindaja (komisjoni asepresidendi staatuses), kelle eestvõttel hakatakse sõlmima rahvusriikide nimel ka rahvusvahelisi majandusleppeid.
Lepingu jõustumisel saab Euroopa rahvusriikide ühendus uueks institutsiooniks, mil on iseseisva õigusvõimega autonoomse juriidilise isiku staatus. Piiratakse EK liikmete arvu 2/3 liikmesriikide arvuga, st igal riigil pole enam volinikku (praegu esindab Eestit Siim Kallas). Praegu on ministrite nõukogus hääletamisel ELi neljal suurriigil igaühel 8,4% häältest, leppega tõuseb Saksamaa ja Prantsusmaa osakaal vastavalt 16,7 ja 12,8%ni.
Õnneks on Eestil siiski võimalik Lissaboni lepingu mitme sätte jõustamist vaidlustada kaitseklausliga, mis lähtub Eestis septembris 2003 ELiga ühinemise küsimuses läbiviidud rahvahääletuse tulemusest. See sätestas, et Eesti võib kuuluda ELi, lähtudes Eesti põhiseaduse aluspõhimõtetest ja arvestades liitumislepingust tulenevaid õigusi ja kohustusi. Põhiseaduse täiendamise seadust saab muuta aga ainult rahvahääletusega.
Seega kui Riigikogu, valitsus, kohtud, teised põhiseaduslikud institutsioonid hakkavad oma otsustamisõigust delegeerima ELi institutsioonidele neis valdkonnis ja ulatuses, mis polnud ette nähtud Eesti ja ELi liitumislepingus ja siis kehtinud ELi aluslepinguis, saab kuulutada need sammud põhiseadusega vastuolus olevaks.