Riigieelarvelised otsused peaksid sündima n-ö konkurentsi alusel, prioriteete seades ja kulusid kaaludes, rõhutas riigikontroll. Riigikontrollil pole midagi Peterburi Jaani kiriku renoveerimise vastu, kuid selle seadusevastane rahastamine ei olnud eelarveläbirääkimistel sündinud valik, vaid jõumeetodil teiste valdkondade raha endale võtmine. Võetud lisakohustuste tõttu võivad kannatada nii kultuuriministeeriumi valitsemisala kui ka mõne muu valdkonna eelarvelised võimalused.
Kõige murettekitavam on aga asjaolu, et kui eksimust ei tunnistata, võib riigis levida arusaam, et raskel ajal enda valdkonnale nii raha saabki.
Lisaks laenule on riigieelarve seadust rikkudes võetud pikaajalisi kohustusi ka kapitalirendiga. Kuna probleem on pikaajaline, tegi riigikontroll rahandusministrile ettepaneku täpsustada riigieelarve seaduses pikaajaliste kohustuste võtmise korda, kuid minister pole pidanud seda vajalikuks. Praktikas on aga kujunenud olukord, kus mitmesuguse vara (nt sõidukid, infotehnoloogilised (IT) seadmed,
kontoritehnika) rentimine tingimustel, mis oleksid ühemõtteliselt klassifitseeritavad kasutusrendina, ei ole võimalik. Kuna kapitalirendi kasutamine on riigieelarve seaduse kohaselt lubatud ainult juhul, kui see nähakse ette riigieelarve iga-aastase seadusega, siis tuleb riigiasutustel parandada eelarve planeerimist ning planeerida kapitalirendi kulud oma iga-aastastes eelarvetes.
Raha ebaseadusliku juurdehankimise kõrval rikutakse riigieelarve seadust ka aastaeelarve raames. Seaduse järgi on riigiasutusel õigus teha kulusid ainult siis, kui selleks on riigieelarves raha ette nähtud. Levinuim eksimus siin on investeeringute tegemine majandamiskulude arvel või vastupidi. Selliseid rikkumisi esines 2009. aastal majandus- ja kommunikatsiooniministeeriumi, kaitseministeeriumi, siseministeeriumi, kultuuriministeeriumi, rahandusministeeriumi, haridus- ja teadusministeeriumi ning põllumajandusministeeriumi valitsemisala asutustes.
Võrreldes eelmise aastaga on kasvanud investeeringute tegemine majandamiskulude arvel. Selle üheks põhjuseks võib pidada riigieelarves tehtud investeeringukärpeid, mis tõenäoliselt panid riigiasutusi kasutama majandamiskuludes eraldatud raha investeeringuteks. Näiteks auditeeritud majandus- ja kommunikatsiooniministeeriumi valitsemisala asutustest ei olnud planeeritud investeeringute mahtu ületanud kaks asutust 14st, valitsuse korraldusega kinnitatud eelarvet ületati 140 miljoni krooniga.
Ehkki erinevalt laenust ei too eksimine riigieelarves lubatud kuluartiklite vahel üldjuhul kaasa lisakohustusi, kahandab see ikkagi riigieelarve läbipaistvust ja on taunitav. Majandamiskuludest investeeringute tegemine võib kahandada asutuse haldussuutlikkust. Investeeringuraha majandamiskuludeks kasutades võivad jääda soetamata või renoveerimata olulised varad. Riigikontroll on auditiaruannetes rõhutanud, et kui eelarveaasta jooksul ilmneb vajadus teha kulutusi kavandatust erinevalt, siis tuleb aruandluse selguse ja võrreldavuse huvides taotleda eelarve muutmist.