Samas hoiatab komisjon, et on märgata teatud ülekuumenemise märke ja eriti ehitusvaldkonnas, mis tähendab, et kasvavad investeeringud teedesse ja hoonetesse kiirendavad hinnatõusu.
Probleeme täheldati ka toetuse taotlemisel ja menetlemisel. Nii kehtib Eestis reegel, et toetuse saab see, kes varem taotleb, ning ei arvestata toetuse olulisust. Nii taotlejatel kui ka ametnikel on puudu oskustest ja teadmistest.
Rahandusministeeriumi arengutalituse juhi Siim Sikkuti sõnul ei saa Euroopa Komisjoni dokumendist välja lugeda, nagu oleks "valitsusel paigas küll prioriteedid, kuid mitte lahendused". "Pigem leiavad nad, et teatud prioriteete võiks Euroopa Liidu vahenditest meie poolt kavandatuga võrreldes veidi teistlaadselt seada või rahastada või täiendavaid lahendusi ette näha. Sisu mõttes on tegemist väga tavapäraste Euroopa Komisjoni algpositsioonidega," selgitas Sikkut.
Sikkuti sõnul on paljud Euroopa Komisjoni märkused juba töö käigus arvesse võetud või siis on Eestil olemas enda järjepidevad sektorpoliitikate tegevussuunad, mida peame lihtsalt Euroopa Komisjonile läbirääkimiste käigus täiendavalt ja põhjalikumalt selgitama.
"Antud hinnanguid tasub igati tõsiselt võtta ja seda me ka teeme," lubas Sikut.
Mõned probleemid, millele komisjon viitab, on juba lahendatud. Nii vähendas valitsus poolteise nädala eest eurotoetuste jagamiseks koostatud rakenduskavade arvu neljalt kolmele.
"Kuigi see otsus tuli mõnevõrra hilises rakenduskavade koostamise faasis, oli seda just nüüd vajalik teha Euroopa Komisjoniga toimuvate läbirääkimistega edasiliikumiseks," tõdes rahandusminister Aivar Sõerd toona.
Sikkuti sõnul koostab Eesti Euroopa Komisjoni märkuste kohta oma seisukohad, mis esitatakse komisjonile novembris.
Aastatel 2007-2013 saab Eesti ELilt 53,2 miljardit krooni toetusi.