Prioriteetsed suunad on keskkonnakaitse, transport ja põllumajandus, samuti toll, statistika ja energeetika. Kui varasematel aastatel lasus põhirõhk Euroopa Liidu nõustajate tegevuse finantseerimisel, siis alates 1998. aastast kulutatakse 75% raha investeeringutele tagastamatu abina.
Rahandusministeerium ja Euroopa Liidu delegatsioon viivad lähiajal läbi konkursi viie ametniku leidmiseks memorandumi alusel loodavasse Phare Eesti rahastamisüksusesse, mis peab tagama abi senisest kiirema ja paindlikuma päralejõudmise. Samuti leitakse konkursi teel pank, mille kaudu abiraha Eestis liikuma hakkab.
Rahandusministeeriumi välislaenude ameti direktori Agate Daltoni sõnul oli senine kohmakas asjaajamine Brüsseliga põhjuseks, et kukkus läbi eelmisel aastal läbi viidud ja Phare poolt rahastada kavatsetud Ikla piiripunkti väljaehitamise konkurss.
Välislaenude ameti direktor peab rahandusministeeriumi juurde Phare rahastamisüksuse loomist tunnustuseks Eesti kiirele arengule.
Programm on mõeldud peaasjalikult riiklike institutsioonide abistamiseks Euroopa Liidu nõudmistele vastavaks ümberkujundamisel. Eesti ühines selle programmiga 1991. aasta detsembris.