Muuta tuleb kinnisasjade käibemaksu: kui praegu ei kuulu kinnisasjad ja ehitised üldse käibe mõistesse ja ettevõtte vajadusteks ehitatud hoone võõrandamisel viie aasta jooksul tuleb teha eelnevalt mahaarvatud käibemaksu ümberarvestus, siis ELi nõuete kohaselt peaks uue ehitise ja selle aluse maaga tehtav esimene võõrandamistehing olema maksustatav ning käibemaksu mahaarvestus käib tavakorras vastavalt sellele, kui suur osa ostetud kaupadest kasutatakse maksustatava ja kui suur osa maksuvaba käibe jaoks. Põhivara ostmisel makstud käibemaksu mahaarvestust hakatakse korrigeerima viie aasta jooksul.
Vajalik on ka viimaste ELi nõuetega mitte kooskõlas olevate maksusoodustuste likvideerimine. Peamistest on praeguseks alles jäänud soojusenergia 5, ajakirjandusväljaannete ja teatri- ja kontserdipiletite 0, ravimite ja meditsiinitarvete vabastus.
Mõnevõrra muutuvad ka reeglid, kuidas määratakse käibe toimumise ja seega maksukohustusluse tekke kohta. ELis kehtib meie praeguse süsteemiga üsna kooskõlas olev põhimõte, et käibe toimumise koht on kauba müüja või teenuse osutaja majandustegevuse peamine koht, kuid teatud kaupade ja teenuste osas (transporditeenused, kinnisvaraga seotu, nn intellektuaalsed teenused) kehtivad erisätted.
Üle tuleb minna maksuladude süsteemile, mis on eeldus selleks, et Eesti võiks ELi liikmeks saades olla osa ühtsest tolliruumist, mille sees kaudseid makse riigipiiride ületamisel ei koguta. Maksulaoks ei ole vaid ladu, vaid ka tehas, veoettevõtja jne, kes käitleb aktsiisiga veel maksustamata kaupa.
Maksukogumine hakkab toimuma hetkel, mil toode liigub maksulaost tarbijale, mitte erinevatel tootmisetappidel ja liikumisel ühest liikmesriigist teise. Kui hulgimüüja taotleb endale laopidaja staatuse, saab ta kaupa maksuvabalt importida. Esimesena luuakse aktsiisilaod alkoholiaktsiisiga maksustatavatele kaupadele uue alkoholiaktsiisi seaduse alusel, mis peaks jõustuma uuest aastast.
Vajalik on ka tubaka- ja kütuseaktsiisi määrade tõstmine: nt bensiini 3500 kr/1000 liitrilt peaks tõusma 4500 kroonini, diislikütuse 3,04 kr/1kg 4,57 kroonini.
Sigarettide aktsiis, mida väljendatakse ELi määraga harmoniseerituse hindamisel protsendina müügihinnast, peab tõusma praeguselt 38? 39-lt 57ni. Kütuseaktsiisi tõstmisega oodatakse valitsuse otsusel kuni liitumiseni, tubakaaktsiisi tõstmiseks oleme taotlenud üleminekuperioodi aastani 2010. EL on ka väljendanud kartust, et meil kehtiv mootorsõidukiaktsiis ei sobi kokku ELis kehtiva kaudse maksustamise põhimõttega, mistõttu tuleb aktsiis ilmselt asendada siseriikliku maksuga.
Tulumaksureform, millega maksustamise hetk lükati edasi kasumi akumuleerumiselt kasumi jaotamise hetkele, on äratanud suhteliselt suurt ELi tähelepanu. Eelkõige on uut süsteemi kaalutud kahjuliku maksukonkurentsi aspektist. Kahjuliku maksukonkurentsi välistamiseks on Euroopa Nõukogu heaks kiitnud nn Code of Conduct on Business Taxation, mis kohustab riike ajapikku kõrvaldama riikidevahelist kahjulikku maksukonkurentsi.